เดิมอุทยานแห่งชาติธารโบกขรณี มีชื่อว่า "ธารอโศก" มีลักษณะเป็นป่าดงดิบและเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์ป่า ต่อมาในปี พ.ศ. 2496 พลโทบัญญัติ เทพหัสดิน ณ อยุธยา ได้เข้ามาพักผ่อนซึ่งเห็นว่าชื่อเดิมไม่เหมาะสม จึงได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น "ธารโบกขรณี"

  ในปี พ.ศ. 2498 ผู้ว่าราชการจังหวัดกระบี่ในสมัยนั้น เสนอเรื่องให้กรมป่าไม้ ตั้งขึ้นเป็นสวนรุกขชาติ ซึ่งกรมป่าไม้ได้รับหลักการและดำเนินการ จนในปี พ.ศ. 2528 สำนักงานป่าไม้จังหวัดกระบี่ ได้เสนอเรื่องขอจัดตั้ง “ธารโบกขรณี” และพื้นที่ใกล้เคียงเป็นอุทยานแห่งชาติ สังกัดกองอุทยานแห่งชาติ และโอนมาอยู่ในสังกัดส่วนอุทยานแห่งชาติทางทะเล พ.ศ. 2538 จนได้รับการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 115 ตอนที่ 67 ก ลงวันที่ 30 กันยายน 2541